La légende dit que le crystal sacré est source de vie et fut créée au début des temps. Le démoniaque Kyla en a pris possession, mais il existe un autre crystal identique sur terre et Landera doit le trouver avant son ennemi...

Dans un golf très exclusif dont tous les membres sont très riches et excentriques, mais dont tous les employés sont pauvres, Danny Noonan, un caddy, désire amasser le plus d'argent possible en vue de s'inscrire à la fac.

Flynn, un concepteur de jeux vidéos qui s'est vu voler ses jeux vidéos par son ex-employeur, veut à tout prix récupérer une preuve qui lui ferait valoir ses droits. Avec l'aide d'Alan et de Lora, deux de ses anciens collègues, il infiltre le MCP (Maître Contrôleur Principal), un ordinateur avide de pouvoir à l'intelligence artificielle surdévelopée. Quand ce dernier découvre que Flynn veut s'infiltrer dans ses circuits, il le téléporte dans un jeu vidéo. Pour s'évader, Flynn devra compter sur l'aide de Tron, un programme indépendant inventé par Alan.