Jean-Luc Picard et son fidèle équipage font route vers la planète Romulus avec pour mission de rétablir les liens diplomatiques entre la Fédération et son ennemi juré, le peuple romulien. Sur place, les passagers de l'Enterprise découvrent que le nouvel homme fort de Romulus, le praetor Shinzon, a éliminé une majeure partie du Sénat avec l'accord de son vice-roi. Deuxième surprise : Shinzon n'est pas romulien mais humain, jadis réduit à l'état d'esclave, puis cloné à l'image de... Picard. Confronté à cette situation inédite, le commandant du vaisseau spatial devra mobiliser toutes ses ressources pour déjouer les plans de son double, et empêcher l'opération de destruction massive dont Shinzon menace la Terre...

C'est par hasard, à la suite d'un banal accident de la circulation, que la police de Chicago retrouve la piste de Mark Roberts, recherché pour un double meurtre. Le prévenu est placé sous la garde de l'US Marshal Samuel Gerard pour être extradé par avion sur New York avec une vingtaine de prisonniers. Au cours du vol, un détenu s'empare d'une arme et tire sur Robert. Il rate son objectif et pulvérise un hublot. C'est le crash. L'appareil termine sa course dans l'Ohio. Une fois l'épave évacuée, le marshal découvre que Roberts a disparu...

Jaffa, leader d'une des organisations extrémistes les plus dangereuses du monde, est arrête lors du mariage de sa fille. Son adjoint, Nagi Hassan, exige sa libération en échange des passagers d'un 747 qu'il a pris en otages. L'avion transporte également un lot de gaz toxique qu'il menace de répandre au-dessus de Washington. Le lieutenant-colonel Austin Travis propose alors d'aborder le 747 au moyen d'un avion furtif expérimental et d'y introduire un commando d’élite charge de neutraliser le terroriste.