Quelques années après les événements de l'OAV Armitage III, Naomi et Ross sont toujours ensemble et élèvent leur petite fille Yoko en vivant sous de fausses identités. Le gouvernement de Mars souhaite entamer la phase Zephyria du programme de terraformation qui achèvera le plan de colonisation en dotant la planète rouge de ses propres océans. D'un autre côté, les dirigeants de la Terre préférerait voir ce monde demeurer une colonie à leur botte...

La planète Mars vient d'être terraformée en ayant un recours massif au travail des robots. Mais leur existence est désormais au cœur des préoccupations politiques alors que de violents conflits sociaux secouent la planète. C'est dans ce contexte qu'un mystérieux serial killer comment à exécuter des robots illégaux dont personne ne croyait l'existence possible, la Troisième Génération, très difficile à différencier des humains. Armitage est une policière du MPD qui semble prendre cette enquête très à cœur...

Première guerre mondiale, 1917. Pris au piège entre deux tranchées ennemies, deux possibilités s'offrent à eux : se rendre ou mourir. Ils ont choisi de se battre malgré tout. L'histoire vraie d'un batailllon de la 77ème division de l'armée américaine qui, par un courage exemplaire, s'est battu corps et âme contre l'ennemi. Menée par le Major Charles Whittlesey, cette compagnie a vécu un véritable enfer. Mais leur exploit est devenu une légende...

La forteresse SDF-1 revient vers la Terre, poursuivie par des guerriers géants. Au cours d'une attaque, un jeune pilote, Hikaru Ichijô, sauve la célèbre chanteuse Lynn Minmay. Ils se lient d'amitié Hikaru l'emmène au cours d'un vol d'entraînement mais ils se font capturer…

Une ancienne race extra-terrestre a colonisé notre planète il y a des milliards d'années et a créé l'arme ultime : l'Homme. Cette race était composée de clans s'affrontant constamment. Ainsi les humains se battent à leur place et ils leur ont créé une arme : le Bio-Booster Armor Guyver. C'est une armure qui une fois activée fusionne avec le corps et se transforme en armure parfaite. Maintenant cette race est éteinte depuis des millénaires, mais une société, la Chronos Corporation, recherche les modules Guyver restant sur Terre. Pour ce faire, elle utilise des Zoanoïds : des humains modifiés génétiquement aux capacités physiques et spéciales amplifiées. Sho Fukamachi met accidentellement la main sur l'une de ces armures et l'active malgré lui.