Dans le Japon de l'après-guerre, à Suo, une ancienne capitale vieille de mille ans, au printemps 1955, une petite fille de neuf ans nommée Shinko s'amuse à imaginer le monde tel qu'il était il y a mille ans, grâce aux histoires de son grand-père qu'elle affectionne. Une nouvelle élève timide et réservée, Kiiko Shimazu, est transférée en cours d'année dans son école. Les deux fillettes vont se lier d'amitié et partager d'inoubliables expériences, grâce à la Magie Millénaire.

Deux amis se font écraser par une rame de métro. lls se retrouvent soudain dans un étrange appartement en compagnie d'autres personnes venant également de “mourir”. Tandis que tous tentent de comprendre leur présence en ce lieu, une mystérieuse sphère noire apparaît et les somme d'éliminer unes à unes des créatures surpuissantes…

Des morts sont ramenés à la vie par une mystérieuse sphère noire, GANTZ, qui les somme de combattre d'étranges créatures pour racheter leur liberté. Moyennant 100 points, chaque participant peut gagner sa résurrection ou ressusciter un proche. Mais GANTZ, menacé de mourir, décide de complexifier encore les règles.