L'histoire se déroule dans une cité universitaire où chaque secteur est considéré comme indépendant. En temps ordinaire, c'est le Conseil Étudiant qui assure la coordination entre les secteurs et leur bonne entente. Le problème, c'est que la présidente du Conseil a disparu...

Un siècle s'est écoulé depuis que la magie - la vraie magie, celle des légendes - est revenue dans le monde. C'est le printemps, la saison des nouveaux départs, et une nouvelle classe d'élèves est sur le point de commencer ses études au First National Magic University Affiliated High School, surnommé First High. La série suit les événements de la série originale, vus à travers les yeux de Shiba Miyuki, la sœur de Tatsuya. La vie d'un étudiant d'honneur s'accompagne de beaucoup d'attentes... et de sentiments cachés inattendus !

Mitsuyoshi Tada est un jeune lycéen membre du club de photographie qui travail lorsqu'il a du temps libre, dans le café de son grand-père. Cependant, malgré qu'il soit en deuxième année de lycée, il n'a jamais connu l'amour. Un jour, alors qu'il est en train de prendre en photo les fleurs de cerisier, il fait la rencontre de Teresa Wagner, une étudiante transférée venant du Luxembourg. En arrivant au Japon, elle s'est perdue et a été séparée de son compagnon de voyage. Mitsuyoshi décide de l'aider en l'emmenant au café de son grand-père.

Entrer dans l’adolescence n’est jamais facile, surtout quand on est un centaure ! Himeno « Hime » Kimihara est une lycéenne douce et timide qui souhaite s’intégrer du mieux possible dans son école. Heureusement, elle n’est pas seule, car toutes ses camarades de classes sont également des créatures surnaturelles : des anges, des sirènes, des démons… Avec ses amies Kyôko (un satyre) et Nozomi (une dragonne), Hime mène une parfaite vie d’étudiante.