Dans un XXVème siècle apocalyptique, une maladie a rayé la quasi-totalité de la population mondiale, à l'exception d'une ville fortifiée, Bregna, dirigée par une assemblée de scientifiques. Un groupe de rebelles vivant sous terre, les Monicans, emmené par The Handler envoie leur meilleur élément, Aeon Flux pour assassiner l'un des plus hauts dirigeants du pouvoir en place.

En 2304, alors que la Terre, berceau de l'humanité, est assiégée par le consortium colonial de Mars, le gouvernement terrien décide de faire appel à l'équipage du vaisseau Dreamship, dernier espoir de la galaxie. Le capitaine Kork, le docteur Spoky et l'imperturbable Rock vont alors répondre à l'appel de la princesse. Ils affronteront les plus grandes épreuves afin de sauver le destin de l'humanité.