Pendant un discours du père de Sonoko, le Kid fait son apparition, pour, cette fois, voler le tableau : Les Tournesols des flammes. Suivant cette apparition en direct, Conan et les détectives boys partent à sa rencontre. Pendant qu'ils sont chez Sonoko, avec le Kid déguisé en Shinichi, le manoir prend feu...

Un jour de décembre, le gouverneur Asakura, qui a été réélu comme Gouverneur de Tokyo, reçoit une mystérieuse lettre d'avertissement. Celle-ci menace de faire sauter le tout nouveau tunnel souterrain municipal qu'il doit inaugurer le lendemain. Heureusement, Conan en entend parler par Kogoro, et en voyant une mystérieuse personne dans le tunnel, il arrive à prévenir les passagers du train et il n'y a aucune victime après l'explosion de plusieurs bombes. La police a beaucoup de mal à désigner un suspect, mais une autre construction initiée par Asakura est menacée. Qui est le poseur de bombes et l'assassin d'Hikawa ? Qu'est-il vraiment arrivé au fils de Fuyumi ? Conan et les détectives boys veulent résoudre ces mystères, mais attention ! Quelqu'un les suit à la trace, et en montagne, si on reste quinze minutes sous une avalanche, on meurt ! De nombreux dangers les attendent ! Sauront-ils les surmonter ?

Lors d'une visite d'inauguration de la Bell Tree Tower du groupe Suzuki, Conan assiste impuissant au meurtre d'un guide, tué d'une balle de MK-11. Se lançant à sa poursuite, Conan rencontre Masumi Sera qui le guidera jusqu'a un port et lui sauvera la vie. En même temps, le sniper élimine plusieurs voitures de polices et se trouve poursuivie par le trio d'agent du FBI, Camel, Jodie et James

Un jour, Kogorô reçoit à l'agence un coup de téléphone. Au bout du fil, une personne qui lance un avertissement concernant l'explosion d'une bombe. À la fin du message, l'auteur laisse un code "Le Garçon en Bleu et Le Zèbre Bleu, La pluie venant d'en haut...". Si Conan arrive à déchiffrer ce code, il pourra stopper la bombe. C'est une nouvelle aventure qui commence pour Conan et les Détectives Boys. L'histoire prendra place dans un stade, lors d'une rencontre de foot entre l’équipe des Tôkyô Spirits, de Hideo Akagi, et celle des Big Ôsaka de Ryûsuke Higo.

Le film se déroule à bord d'un vaisseau Aegis ultra sophistiqué, avec la coopération du Ministre japonais de la Défense et des Forces d'Autodéfense Maritime. On a retrouvé le cadavre d'un membre des Forces d'Autodéfense auquel il manquait le bras gauche, et on apprend qu'un espion a infiltré le vaisseau Aegis. Ran est mise en péril, si bien que Conan se voit obligé d'intervenir contre le dangereux "Espion X" ("Spy X").

Un groupe de réfugiés tente de recoloniser la Terre 20 000 ans après sa conquête par Godzilla. Mais un jeune homme est bien déterminé à prendre sa revanche.

Dans un futur alternatif où les clans dirigent le Japon, il existe une académie très spéciale qui forme des jeunes filles aux techniques de combat samouraï. À son arrivée à l'académie, Muneakira Yagyû, un maître du sabre venu y enseigner son art, découvre qu'il s’agit en réalité d'une école pour filles. Aussi sexy que redoutables, les élèves combattantes sont toutes les réincarnations des plus célèbres samouraïs du passé ! Alors que l'arrivée d’un homme sème la panique dans l'établissement et divise les membres du conseil, Jûbei, une mystérieuse fille, tombe du ciel totalement nue et embrasse Muneakira. Ce baiser va éveiller le pouvoir caché de Jûbei qui se révèle être la réincarnation d'un Master Samurai. En embrassant son destin, cette dernière pourrait bien changer celui du Japon à tout jamais...

Dans un futur alternatif où les clans dirigent le Japon, il existe une académie très spéciale qui forme des jeunes filles aux techniques de combat samouraï. À son arrivée à l'académie, Muneakira Yagyû, un maître du sabre venu y enseigner son art, découvre qu'il s’agit en réalité d'une école pour filles. Aussi sexy que redoutables, les élèves combattantes sont toutes les réincarnations des plus célèbres samouraïs du passé ! Alors que l'arrivée d’un homme sème la panique dans l'établissement et divise les membres du conseil, Jûbei, une mystérieuse fille, tombe du ciel totalement nue et embrasse Muneakira. Ce baiser va éveiller le pouvoir caché de Jûbei qui se révèle être la réincarnation d'un Master Samurai. En embrassant son destin, cette dernière pourrait bien changer celui du Japon à tout jamais...

Dans un futur alternatif où les clans dirigent le Japon, il existe une académie très spéciale qui forme des jeunes filles aux techniques de combat samouraï. À son arrivée à l'académie, Muneakira Yagyû, un maître du sabre venu y enseigner son art, découvre qu'il s’agit en réalité d'une école pour filles. Aussi sexy que redoutables, les élèves combattantes sont toutes les réincarnations des plus célèbres samouraïs du passé ! Alors que l'arrivée d’un homme sème la panique dans l'établissement et divise les membres du conseil, Jûbei, une mystérieuse fille, tombe du ciel totalement nue et embrasse Muneakira. Ce baiser va éveiller le pouvoir caché de Jûbei qui se révèle être la réincarnation d'un Master Samurai. En embrassant son destin, cette dernière pourrait bien changer celui du Japon à tout jamais...

Oragon est rappelé au Strike World. En effet, celui-ci est attaqué par Lucifer et d’autres anges, eux qui étaient pourtant les alliés de ceux qui avaient renversé les apôtres. Les héros devront les affronter, sans connaître la raison de ce soulèvement.

Un espion vole des dossiers secrets provenant de divers services de renseignements comme le MI6, la BND ou la CIA à la police japonaise. Durant sa fuite, il subit un accident de voiture provoqué un tir de carabine de Shuichi Akai. Le lendemain, une jolie jeune femme blessée et seule est trouvé par Conan et ses amis à un aquarium à Tokyo. Ces derniers décident alors de l'aider à retrouver sa mémoire. La scène est observée par Vermouth

L'alliance terrestre s'affaiblit, et Haruo envisage de rejoindre les Exif, dont le culte funeste cherche à invoquer un monstre capable de détruire le monde.

Tamara, Sylia et Alexia sont des cambrioleuses. Elles volent un tableau dans un musée à peu près au même moment où Lupin III vole lui-même un autre tableau. Les deux tableaux font partie de la série de Michael Heinz intitulée "La Fille aux Fleurs". Ces tableaux pourraient aider les filles à retrouver leur père. Lorsqu'elles apprennent que Lupin poursuit la même cible, elles redoublent d’effort.

Sur Terre, Haruo et ses acolytes entrent en contact avec la tribu des Houtuas. Pour vaincre Godzilla, ils entament un périple vers les anciens locaux de Mechagodzilla.

Sous les sept étoiles qui forment la constellation de la Grande Ourse, trois frères d'armes revendiquent l'héritage du Hokuto Shinken, un art martial millénaire à la puissance sans égale qui permettra à celui qui le maîtrise de régner sur le monde. Toki, le plus sage de tous, a mis sa force au service des plus démunis à l'opposé de Raoh, qui a décidé de bâtir un empire par la force. Poussés par leurs valeurs divergentes, ces deux redoutables combattants vont devoir s'affronter...

Un attentat à la bombe frappe en automne le siège de Nichiuri TV où a lieu la coupe Satsuki, un concours national de jeu de cartes karuta. L'incident provoque une grande agitation et, alors que le bâtiment brûle, les seules personnes restées à l'intérieur sont Heiji et Kazuha. Ils sont sauvés in-extremis par Conan, qui se précipite sur les lieux. L'identité et les buts du terroriste sont inconnus.