2025 : 15 ans après avoir chassé les extra-terrestres de la surface de la Terre, Shinichi Ichikawa, plus connu sour le nom de Zebraman, se réveille amnésique. Il découvre que le maire de Tokyo, désormais baptisé Zebra City, a pacifié la métropole en instaurant une nouvelle loi : le Zebra Time. Chaque jour durant 5 minutes, les habitants peuvent assouvir leurs pulsions sous la surveillance de la police. Zebraman réalise cependant que la réalité est moins idyllique qu'il n'y paraît et que le maire et sa fille, la vénéneuse Zebra Queen, ont de noirs desseins. Pourra-t-il les arrêter ?

Autrefois rejeté et brutalisé par ses camarades de classe et surtout incompris de son père qui l'a élevé seul, Torii Shinichi vit aujourd'hui en marge de la société : il est ce qu'on appelle un hikikomori. Programmeur en informatique, il est doté d'une capacité de raisonnement hors-norme et pourvu d'une perspicacité imparable malgré son innocence enfantine. Employé d'une compagnie d'assurance, son meilleur ami Sakaki Tsukasa l'oblige constamment à sortir de chez lui. Ainsi, tous deux se retrouvent souvent impliqués dans de petites mésaventures, ce qui contraint le duo à devoir résoudre mystères et incidents se dressant sur leur route. Les deux jeunes hommes sont très proches et se sont mutuellement soutenus jusqu'alors. Ils vont d'ailleurs réaliser, tout en aidant leurs prochains, qu'ils ont chacun un rôle important à jouer dans l'existence de l'autre.