Un jeune garçon d’une dizaine d’année, Yûta, garde le souvenir de son père décédé à travers sa voix qu’il conserve enregistrée sur son téléphone mobile. Au cours des vacances d’été, le garçon se rend sur un barrage, un lieu où se tenait jadis un village qui fut englouti après la construction de l’édifice. Son père aimait lui raconter cette histoire. C’est alors que Yûta trébuche. Lorsqu’il se réveille, il se retrouve dans ce village censé être noyé depuis plusieurs dizaines d’années…

Alors que Luffy et son équipage tentent d'échapper aux Marines, ils arrivent sur l'île d'Hannabal. Dans un bar ils apprennent qu'une course "underground" appelée hullabaloo est organisée et que le vainqueur empochera la somme de 300 000 000 bellis. Nami par sa soif de l'argent ordonne à Luffy de participer à cette course où tous les coups sont permit, le but étant de la terminer. Mais un ancien marine participe également à cette course et est donné comme étant le favoris : Gasparde. Son but est d'éliminer tous les concurrents et Luffy et sa bande devront lui faire face...

Luffy et ses compagnons naviguent en pleine tempête quand ils trouvent une boite. Ils l'ouvrent mais au lieu de de trouver un trésor mais une vielle femme avec des dents en or. Elle leur dit que si ils la ramènent sur sur son île, elle leur offrira un trésor légendaire, la Couronne d'Or. Luffy et ses amis l'accompagnent donc chez elle...

L'histoire débute après les événements d'Alabasta. Après avoir rencontré d'étranges chercheurs de trésor, qui leur racontent la légende d'une cité perdue dans les nuages, Luffy et son équipage décident de s'y rendre et découvrent ainsi une civilisation unique.

Dans cet épisode, Luffy et son équipage retrouvent Foxy qui veut se venger au Nouveau Monde, ce qui entraînera les deux équipages dans un combat contre la Marine.

Un an après les événements survenus dans Galaxy Express 999, Tetsuro, toujours en compagnie de Maetel, reprennent la route en direction de la planète Eternal.