À la fin du XXe siècle, les États-Unis sont gouvernés par un mouvement intégriste de droite. La pollution, les accidents nucléaires et les expériences génétiques ont rendu la plupart des femmes stériles. Celles qui sont encore fécondes sont placées comme reproductrices auprès des chefs de la nation, les "Commandants". C'est ainsi que Kate, qui voulait s'enfuir, est enlevée à sa famille pour servir de reproductrice au Commandant Fred.

Comme Métal hurlant, Heavy Metal 2000 fonde son intrigue sur le pouvoir d'une lueur verte... mais celle-ci n'est plus douée de conscience, ni franchement mauvaise : il s'agit simplement d'une « clé » qui peut conférer l'immortalité à celui qui s'en sert. Dans le dessin animé, son « propriétaire » est Tyler, un tueur qui s'est déchaîné au contact de la clé et qui massacre tout sur son passage, à commencer par la première planète qu'il croise : Eden. (Presque) seule survivante de cette apocalypse, Julie va le poursuivre à travers les galaxies pour le tuer.