Dans la ville minière de Hakoniwa, vivent une fille nommée Kagari qui dessine des cartes et son ami d'enfance Yuya qui rêve de quitter ces mines. En effet, l’endroit est un véritable labyrinthe en perpétuel évolution et les accidents de puits qui sévissent de plus en plus souvent ne laissent rien supposer de bon pour l’avenir. Kagari l’ignore, mais le destin de la ville est entre ses mains…

Sôtarô travaille à l’agence de détective Ôtsuji. Dans une ville où les rumeurs tourbillonnent comme de la fumée, il enquête sur une série de mystérieuses disparitions. Cependant, sans indice probant et sans aucun témoin, ses investigations n’avancent pas. Porté par son instinct doublé d’un sentiment de menace, il plonge dans le quartier souterrain de la ville appelé Kuragari. Une rencontre avec une certaine Tanne aux commandes d’un train blindé va bouleverser son destin…