Après qu'une expérience scientifique ait conduit à la création d'un clone de Mewtwo, il entreprend de détruire le monde. Ash et ses amis décident alors de déjouer les plans diaboliques de Mewtwo...

En 2065, la plus grande confusion règne sur notre planète. Seuls les plus résistants des humains vivent encore dans un univers de désolation dominé par l'ennemi absolu : de mystérieux fantômes qui se nourrissent en extrayant l'énergie de toute forme de vie terrestre. Le futur de notre espèce repose sur le courage et la volonté de quelques-uns. Déjouant les complots, évitant les pièges, ils doivent reconquérir la Terre en usant de toutes les magies. Deux clans s'opposent sur la manière la plus efficace d'éliminer les spectres : les premiers, commandés par un général belliqueux, souhaitent utiliser une arme de destruction totale ; les autres, conduits par le docteur Aki Ross, s'engagent dans une voie difficile : la reconstitution d'un rythme spirituel qui devrait chasser les fantômes et protéger les êtres vivants. L'aventure est risquée, mais ils n'ont plus rien à perdre.