Plusieurs années après avoir quitté Storybrooke, Henry, désormais adulte, vit à Seattle comme chauffeur de taxi. Victime d’une nouvelle malédiction, il n’a plus aucun souvenir de son passé, ni de l’existence de la magie. Mais sa fille Lucy, accompagnée de Regina, Tracassin et Crochet, est déterminée à lui rappeler sa véritable identité. Ceci afin de l'aider à rompre le sort qui affecte les habitants de Storybrooke.

Emma, Blanche Neige, Charmant, Regina, Crochet et Tracassin font cap vers le Pays Imaginaire pour sauver Henry de l’infâme Peter Pan et de son ombre maléfique. De retour à Storybrooke, une nouvelle malédiction contraint Emma et Henry à refaire leur vie à New York sans aucun souvenir de leur véritable identité. Mais un an plus tard, la Sauveuse est appelée une fois de plus à la rescousse quand Zelena, la méchante sorcière de l’Ouest, arrive dans la ville pour mettre à exécution sa terrible vengeance.

Emma et le Capitaine Crochet reviennent de leur voyage dans le temps accompagnés d’Elsa. Cette dernière, qui est prête à tout pour rerouver sa sœur Anna, pourrait mettre toute la ville de Storybrooke en danger. Pendant ce temps, Regina et Henry sont à la recherche de l'auteur du livre des contes dans l’espoir d’un dénouement heureux à leur histoire. Mais Tracassin, qui a été banni de Storybrooke, s'allie avec les trois reines des ténèbres, Cruella d'Enfer, Ursula et Maléfique, afin de réécrire le livre au profit des méchants.

Destinée à devenir la Ténébreuse et craignant de succomber à la magie noire, Emma se rend à Camelot avec sa famille dans l’espoir d’obtenir l’aide de Merlin. Alors qu’ils sont trahis par le Roi Arthur, Emma et ses proches sont contraints de rejoindre le royaume des enfers pour tenter de sauver le Capitaine Crochet.

La méchante Reine est désormais une entité bien distincte de Regina. De retour à Storybrooke, elle a l’intention de semer le chaos au côté d’un nouvel arrivant, Mr Hyde. Belle et Tracassin, quant à eux, se disputent à propos de l’avenir de leur futur enfant, tandis qu’Emma prend connaissance d’une sinistre prophétie concernant son destin de Sauveuse.

Une ancienne documentariste, Erica Shaw, est engagée pour réaliser un documentaire sur un multimillionnaire mourant, Campbell Bradford. Cependant, le passé de Campbell est entouré de mystère, ce qui amène Shaw à faire des découvertes choquantes dans sa quête de la vérité qui la conduit, par ailleurs, dans sa ville natale.

La malédiction de la Méchante Reine a été rompue, et les habitants de Storybrooke se souviennent désormais de leur véritable identité. Alors qu’ils espéraient retourner au pays des contes de fées, ces derniers constatent qu’ils demeurent bloqués dans la ville. Pendant ce temps, Emma et Mary Margaret ont franchi un portail menant aux vestiges dévastés du monde des contes de fées. Désespérées, et afin de retourner auprès de leur famille, elles font équipe avec le Capitaine Crochet qui souhaite se rendre à Storybrooke pour se venger de Tracassin.

La nuit de son vingt-huitième anniversaire, la vie d’Emma Swan est bouleversée lorsque son fils Henry, qu’elle a abandonné à la naissance, frappe à sa porte. Persuadé qu’elle est la Sauveuse, la fille de Blanche Neige et du Prince Charmant, il la supplie de sauver les habitants de Storybrooke d’une terrible malédiction lancée par la Méchante Reine. Emma refuse d’abord de croire l’histoire d’Henry, mais découvre bien vite que la petite ville regorge de secrets.