Après avoir rencontré un mystérieux étranger, un homme doit s'échapper d'un monde dystopique pour retrouver sa femme.

Quand une adolescente fugitive est kidnappée par des trafiquants sexuels, sa mère, un juge nouvellement nommé, doit la trouver et la sauver avant de l'envoyer à l'étranger et de la vendre à l'esclavage sexuel.

Rachel Turney travaille dans un cabinet immobilier à New York et doit établir la succession du propriétaire d'une ancienne bibliothèque dans une petite ville du nord de la Californie ; une institution à laquelle les habitants sont très attachés. Elle va y rencontrer Jake Kenman, un écrivain itinérant venu faire des recherches sur un célèbre hors-la-loi pour son prochain roman historique.

Partie 1 Audrey n'est plus là, du moins c'est sa véritable identité qui éclate au grand jour dans cette saison. Mara, la diabolique, n'a pas finit de mettre Haven sans dessus dessous. Pourtant, Nathan ne désespère pas de retrouver Audrey, et peut compter sur le soutien de Duke. Mais Mara n'est pas la seule menace qui plane sur la ville... Partie 2 La ville de Haven est coupée du reste du monde par un mystérieux brouillard - et Audrey, Nathan et Duke sont confrontés à des défis différents de ceux qu'ils ont connu auparavant. Les tensions montent, des alliances se forment et se déforment - et dans cet ultime chapitre - le mystère de "Croatoan" est enfin révélé.

Six mois après les terribles événements de la fin de la saison 3, nous retrouvons la ville de Haven dévastée par la pluie de météorites. Mais où est donc Audrey ? Pourquoi Duke est-il revenu sans elle ? Nathan et Duke vont devoir mener l'enquête pour retrouver Audrey, ou plutôt... Lexie.

Audrey se concentre pour aider autant de personnes perturbées qu'elle le peut, et tente de mettre un peu d'ordre dans ses relations, car elle ne sait plus pour combien de temps elle sera Audrey. Malgré elle, Nathan mène l'enquête auprès de la Garde et de l'une de ses membres, Jordan, avec qui il noue une relation particulière. Dans un même temps, Duke essaye de prouver à tous qu'il n'est pas un tueur à l'instar de son père, bien que certains soient convaincus du contraire.

Audrey s'est maintenant bien intégrée à Haven et à ses nouvelles fonctions. Elle est toujours en quête de son identité, mais est certaine qu'elle est liée à cette ville et à tous ses mystères. Nathan est devenu le Chef et a beaucoup à gérer, surtout qu'une partie de la population, menée par le révérend, lutte contre les personnes atteintes par les perturbations et ne soutient donc pas sa nouvelle place au sein de la police. Duke, de son côté, est rongé par l'inquiétude concernant un homme portant un tatouage, qui doit, selon la vision de l'une de ses amies, le tuer.

L'astucieuse agent du FBI Audrey Parker est ouverte aux possibilités d'une réalité paranormale, dû à son passé perdu. Quand elle arrive dans la petite ville de Haven, dans le Maine, pour une affaire de routine, elle se retrouve rapidement mêlée au retour des « phénomènes ». De nombreux phénomènes surnaturels affectent la ville comme autrefois. De plus, elle trouve une coupure de presse qui peut peut-être la relier à cette ville et à la mère qu'elle n'a jamais connue.

Lauren Baker, agent immobilier à Chicago, n'a plus réalisé de transactions depuis longtemps lorsqu'elle reçoit la visite de Sean Crawford, qui désire vendre la demeure de ses parents, un luxueux manoir. Elle a l'exclusivité de la vente et trouve rapidement des acquéreurs. Mais après avoir vendu la propriété, Lauren s'aperçoit que Sean n'est qu'un imposteur et que ses jours sont en danger.

Hayley cumule deux boulots pour subvenir à ses besoins et à ceux de sa fille Jamie. Son ex-mari, Jerry, est un alcoolique accro aux jeux qui lui extorque régulièrement une pension alimentaire. Un soir, alors qu'elle transporte deux clients, ils l'entendent se disputer avec Jerry au téléphone et lui proposent d'aller boire un verre avec eux. Là, chacun se plaint de ce qui ne va pas dans sa vie respective : Kevin s'est vu refuser une promotion à cause de sa liaison avec sa supérieure et Melanie est quotidiennement maltraitée par sa tante Lisa, la directrice du théâtre dans lequel elle travaille...

A Plymouth, Everett, un jeune archéologue, découvre la maison où a eu lieu le premier Thanksgiving de l'histoire. La demeure appartient à une vieille dame qui vient de décéder. C'est sa nièce Mary Ross, avocate à Boston, qui hérite du lieu. Le jeune femme demande à Everett de ne pas révéler ses récentes découvertes afin qu'elle puisse garder la tranquilité. Mais une autre personne est au courant...