Dans l'entre-deux-guerres quelque part en Italie, le pilote Marco, aventurier solitaire, vit dans le repaire qu'il a établi sur une île déserte de l'Adriatique. À bord de son splendide hydravion rouge, il vient en aide aux personnes en difficulté.

Au XVᵉ siècle, durant l’ère Muromachi, la forêt japonaise, jadis protégée par des animaux géants, se dépeuple à cause de l’homme. Un sanglier transformé en démon dévastateur en sort et attaque le village d’Ashitaka, futur chef du clan Emishi. Touché par le sanglier qu’il a tué, celui‐ci est forcé de partir à la recherche du dieu Cerf pour lever la malédiction qui lui gangrène le bras.

Chihiro, 10 ans, a tout d’une petite fille capricieuse. Elle s’apprête à emménager avec ses parents dans une nouvelle demeure. Sur la route, la petite famille se retrouve face à un immense bâtiment rouge au centre duquel s’ouvre un long tunnel. De l’autre côté du passage se dresse une ville fantôme. Les parents découvrent dans un restaurant désert de nombreux mets succulents et ne tardent pas à se jeter dessus. Ils se retrouvent alors transformés en cochons. Prise de panique, Chihiro s’enfuit et se dématérialise progressivement. L’énigmatique Haku se charge de lui expliquer le fonctionnement de l’univers dans lequel elle vient de pénétrer. Pour sauver ses parents, la fillette va devoir faire face à la terrible sorcière Yubaba, qui arbore les traits d’une harpie méphistophélique.

À travers l'histoire de Sen no Rikyu, qui se fit hara-kiri en 1591, évocation des questions fondamentales pour comprendre la vie et la mort du plus grand maître du thé du Japon, dans une société féodale.