Toujours à la recherche de son père, Gon, accompagné de son ami Killua, pénètre l'univers de Greed Island, un jeu dont son père a participé à l'élaboration. Une fois à l'intérieur, Gon et Killua font la connaissance de nombreux nouveaux amis, mais également de plusieurs ennemis redoutables..

1955 : dans un Japon d'après-guerre en pleine reconstruction, sept jeunes adolescents se retrouvent propulsés dans l'univers carcéral de la maison de correction Shio. Tombés dans la délinquance afin de survivre dans un pays où la situation actuelle laisse les plus faibles de côté, c'est une nouvelle lutte pour leur existence qui se présente à eux dans cet enfer de béton. Face aux abus incessants des adultes, l'amitié et la solidarité seront leurs seules armes pour pouvoir espérer ressortir indemnes et atteindre les rêves qu'ils se sont tous promis de réaliser.

Nétéro, le président des Hunters est décédé suite à sa confrontation avec Meruem, le Roi des Chimera Ant. Un nouveau Président Hunter doit donc être élu ! Le groupe des Douze Zodiaques, rassemblant les « Nen » les plus puissants de l’Association des Hunters, se réunit pour organiser l’élection de leur nouveau Président. Pendant ce temps, Gon, gravement blessé est hospitalisé. Kirua prêt à tout pour le sauver, risque sa vie en faisant appel au terrible pouvoir de sa soeur Aruka.

Gon Freecss a douze ans, et rêve de devenir hunter (chasseur en anglais). Les hunters sont des aventuriers d'élite qui peuvent être chasseurs de prime, chefs-cuisinier, archéologues, zoologues, justiciers ou consultants dans divers domaines. ... C'est aussi pour le retrouver que Gon veut devenir hunter.