De longues années après la fin du premier Gunbuster, les aliens réapparaissent. Au même moment, certains humains naissent avec des pouvoirs psychiques spéciaux: les Topless. Réunis dans une organisation dénommée la Fraternité, eux seuls peuvent contrôler un nouveau type de robots, les Gunbusters. Nono, une jeune fille sensible, rêve de devenir pilote spatiale.

Ce film est en fait la suite de la première partie du premier film qui reprend donc la deuxième saison de Tengen Toppa Gurren-Lagann et donc de la nouvelle vie de Simon et de ses compagnons.

Le film résume la première saison de l'anime Tengen Toppa Gurren-Lagann. C'est-à-dire, la vie sous la Terre de Kamina et Simon, le moment ou Simon découvre Lagann. L'arrivé d'un Ganmen ennemi provenant de la surface et l'arrivé en même temps de Yoko. Et surtout le moment ou grâce au Lagann, Kamina et Simon accompagné de Yoko vont découvrir la surface pour la première fois, ainsi donc de nouvelles aventures s'offriront à eux et se feront de nouveaux amies ainsi que de coriace ennemies qui par le passé les a forcés à se terrer sous Terre, ils sont appelés les Beastmen. Suivi du moment tragique qui chamboulera la vie de Simon mais on découvre aussi la venue d'un nouvel individu… d'une fille en l'occurrence.