Dans un futur alternatif, après des décennies de guerre, le monde a fini par arriver à une paix durable. Mais les Terriens ont désespérément besoin de retrouver un peu d'action. Pour apaiser ses citoyens, le gouvernement met alors en place un cycle de guerres d'un genre nouveau : celles-ci seront désormais organisées par des sociétés militaires privées, dans le seul but de divertir la population.C'est alors que la dernière recrue à rejoindre les pilotes de Sky Crawlers se retrouve impliquée dans un nouveau projet militaire, visant à rendre les pilotes infaillibles...

Nous sommes en 2031. Cela fait 2 ans que Motoko Kusanagi a quitté la Section 9. Togusa est maintenant le nouveau leader d'une équipe dont le nombre a considérablement été revu à la hausse. Cette nouvelle Section 9 affronte à présent une série d'évènements complexes et leur enquête révèle l'implication d'un hacker de classe archi-mage, surnommé le Marionnettiste, à la source de tous les incidents. Tandis que Batô mène l'enquête de son côté, il rencontre Kusanagi. Elle repart en lui disant de se tenir à l'écart du Solid State. Un doute envahit Batô. Kusanagi pourrait-elle être le Marionnettiste ?

Shinichiro est un étudiant qui tente d’écrire une pièce en s’inspirant de son entourage. Un ami de son père étant mort l’année dernière, sa famille a pris sous tutelle sa jeune fille Hiromi qui se trouve être dans la même classe que Shinichiro. Ce dernier est attiré par elle et tente de comprendre pourquoi en sa présence, celle-ci reste renfermée sur elle-même. Cette attention particulière qu’il lui porte entraîne une certaine jalousie de la part de sa mère qu’il ignore complètement. Alors qu’il se ballade autour de son lycée, il fait la connaissance de Noe une jeune fille spéciale qui sépare les gens en deux catégories : ceux qui peuvent voler et ceux qui ne le peuvent pas. Au fil du temps, Shinichiro se rapproche d’elle et devient en quelque sorte son animal de compagnie, apprenant par la suite que Noe tente de « retrouver ses larmes ». Cette nouvelle fréquentation semble cependant déranger les sentiments de Hiromi.