Une cyberattaque révèle l’identité de tous les agents britanniques sous couverture. Johnny English devient alors le dernier espoir des services secrets. Rappelé de sa retraite, il plonge tête la première dans sa mission : découvrir qui est le génie du piratage qui se cache derrière ces attaques. Avec ses méthodes obsolètes Johnny English doit relever les défis de la technologie moderne pour assurer la réussite de sa mission.

Isolé dans sa petite maison, Brian sombre dans la dépression. Pour tromper sa solitude, il décide de construire un robot nommé Charles, un amas improbable de pièces qui se révèle drôle et attachant. Qui pourrait contrarier cette amitié ?