Leo Da Vinci est un jeune inventeur vivant en Italie à la fin du Moyen-Âge, avec ses amis Lorenzo et la belle Lisa, dont il est secrètement amoureux. Cette dernière sera mariée de force au fils de l’affreux propriétaire des terres si son père ne rembourse pas ses dettes. Leo, bien décidé à aider son amie, entreprend avec Lorenzo et Lisa un voyage qui les mènera sur la route de pirates à la recherche d’un trésor englouti.

Quand des pingouins apparaissent partout dans sa petite ville, semant au passage une joyeuse pagaille, le jeune Aoyama se dit qu’il y a là une enquête à mener. Ce studieux élève de CM1, accompagné de son meilleur ami, enrôle également sa rivale aux échecs et une énigmatique assistante dentaire pour percer le secret des pingouins. Mais ces petites bêtes ne sont que le premier signe d’une série d’événements extraordinaires. Commence alors pour le jeune garçon une aventure pleine de surprises… et de pingouins !