La carrière de chanteuse de Ranka est au beau fixe alors que Sheryl voit la sienne dégringoler en même temps que sa santé. Dans l'ombre, les différents camps continuent d'œuvrer afin d'obtenir le contrôle de la horde des Vajras en utilisant le pouvoir du chant des deux chanteuses. Alors que la bataille entre la flotte Macross Frontier et les Vajras reprend, Alto prend enfin sa décision

500 ans après l'Armageddon, les Hommes vivent avec les Vampires et les Cyborgs créés par la Lost Technology. À Istvan, le marquis de Hongrie tente de reconstruire une arme surpuissante avec la Lost Technology afin de venger la mort de sa femme. Abel Nightlord, prêtre envoyé par le Vatican, va tout faire pour empêcher le Marquis d'atteindre son but avec l'aide d'Esther Blanchett, jeune religieuse qui va se joindre à Abel pour combattre les Vampires. Le Marquis de Hongrie est un vampire surpuissant mais Abel, lui, est un Kresnik…