Trois petites histoires composent Memories. La première : « Magnetic Rose », deux voyageurs de l'espace sont aspirés dans un monde parallèle sur un astéroïde. Un monde créé par les souvenirs d'une femme. Dans la deuxième, « Stink Bomb », un jeune assistant dans un laboratoire se transforme accidentellement en un arme biologique humaine qui menace Tokyo. L'épisode final et troisième, « Cannon Fodder », relate un jour de la vie d'une ville qui a pour unique préoccupation d'anéantir ses ennemies.

Le début se déroule dans le désert. En trouvant une affiche annonçant l’arrivée imminente de Robot Carnival, un garçon semble soudain effrayé et en proie à une grande agitation. Il court avertir son village pour s’enfuir, quand une lourde machine grouillante de robots apparaît et c'est une gigantesque forteresse mobile, se dirigeant droit sur les habitations. Autrefois une magnifique fête foraine, ce n’est plus aujourd’hui qu’un engin de destruction endommagé, rouillé et déglingué.

Ce programme de neuf courts métrages faisant appel à diverses techniques d'animation (animation classique, manga, images de synthèse...), raconte plusieurs histoires au sein du monde de la Matrice autour de la guerre hommes/machines. 1 - Le Dernier Vol de l'Osiris 2 - La Seconde Renaissance, partie 1 3 - La Seconde Renaissance, partie 2 4 - L'Histoire de Kid 5 - Programme 6 - Record du monde 7 - Au-delà 8 - Une histoire de détective 9 - Matricule