Tim Templeton et son petit frère Ted, le fameux Baby Boss sont devenus adultes, ils vivent chacun de leur côté, Tim est devenu un père de famille rangé et Ted est à la tête d’un important fond spéculatif. Mais l’arrivée d’un nouveau Baby Boss, avec une toute nouvelle approche et une stratégie innovante, est sur le point de rassembler les frères ennemis… et inspirer un nouveau modèle dans les affaires familiales. Tim et sa femme Carole vivent en banlieue où il s’occupe du foyer pendant qu’elle fait bouillir la marmite. Ils ont deux enfants : Tabitha, une petite fille de 7 ans à l’intelligence remarquable et Tina, leur adorable nouveau-née. Tabitha, première de sa classe dans une école pour surdoués, adule son oncle Ted et rêve de marcher sur ses pas, ce qui inquiète beaucoup Tim qui craint qu’elle ne passe à côté de son enfance à force de travailler si dur.

C'est toujours un choc de voir ses parents rentrer à la maison avec un bébé dans les bras – surtout quand il porte une cravate, qu’il se balade avec un attaché-case et qu’il a la voix d’un quinquagénaire ! Si Tim, 7 ans, ne voit pas d’un très bon œil ce «Baby Boss» débarquer chez lui, il découvre qu’il a en réalité affaire à un espion et que lui seul peut l’aider à accomplir sa mission ultra secrète… Car Baby Boss se prépare à un affrontement titanesque entre les bébés et…. les toutous, charmants petits chiots qui vont bientôt être vendus pour remplacer les bébés dans le cœur des parents !