Dans une ville déserte au bord de mer, Sacha, Pikachu et leurs amis rencontrent Hoopa, le Pokémon fabuleux qui a le talent de faire apparaître des personnes et des Pokémon grâce à ses anneaux magiques. Suite à un incident effrayant, une histoire ancienne leur apprend que les méfaits d'un Pokémon terrifiant ont été arrêtés il y a bien longtemps par un héros courageux. La menace, enfouie pendant de nombreuses années, est désormais prête à se déchaîner à nouveau ! Sacha peut-il aider son nouvel ami à surmonter son côté obscur... ou un secret dangereux va-t-il se transformer en un choc de légendes ?

À la suite du divorce de ses parents, Kai, un collégien solitaire, quitte Tokyo pour un petit village de pêcheurs. Pour occuper son temps, il compose de la musique électronique et rejoint un peu à contre coeur le groupe formé par ses deux camarades de lycée, Yûho et Kunio. Il accepte d'aller répéter avec eux sur une île mystérieuse. C’est alors que sa vie monotone bascule quand, grâce à sa musique, il rencontre en secret Lou, une sirène qui devient son amie. Lou se révèle une chanteuse et danseuse hors pair, et bientôt elle se joint au groupe. Le secret ne tarde pas à exploser au grand jour et les habitants du village découvrent avec stupeur l’existence de Lou. Hélas, les légendes sont tenaces et certains villageois y voient un signe annonciateur de catastrophes… Kai et Lou arriveront ils à rassurer les villageois ?