Après avoir été l’un des meilleurs pilotes de chasse de l'Aéronavale américaine pendant plus de trente ans, Pete “Maverick" Mitchell continue à repousser ses limites en tant que pilote d'essai. Il refuse de monter en grade, car cela l’obligerait à renoncer à voler. Il est chargé de former un détachement de jeunes diplômés de l’école Top Gun pour une mission spéciale qu’aucun pilote n'aurait jamais imaginée. Lors de cette mission, Maverick rencontre le lieutenant Bradley “Rooster” Bradshaw, le fils de son défunt ami, le navigateur Nick “Goose” Bradshaw. Face à un avenir incertain, hanté par ses fantômes, Maverick va devoir affronter ses pires cauchemars au cours d’une mission qui exigera les plus grands sacrifices.

Six enfants génétiquement modifiés (ils sont 98% humains, 2% oiseaux) parviennent à échapper à leurs créateurs. Des hommes-loups sont lancés sur leurs traces pour les éliminer...