Dans un autre monde, une mer de neige sans cesse grandissante a englouti la surface de la planète. Les gens luttent pour survivre en vivant autour des routes d'un arbre orbital massif, dont les branches s'étendent dans la membrane céleste au-dessus du sol. Le changement arrive dans ce monde mourant après que Kaina, un garçon de la Membrane Céleste, rencontre une fille de la surface appelée Ririha.

À peine débarqué à Rio pour se mesurer au sanglant champion de kickboxing argentin Eric Martine, David Sloane, toujours accompagné de son entraîneur Xian, va parcourir les bas-fonds de Rio, de bars louches en bordels minables à la recherche d'Isabella, une jeune fille kidnappée par un réseau de traites des blanches...

David, troublé par sa rencontre avec Diana, la femme de son meilleur ami Jerry, décide de prendre du champ. Mais Diana le poursuit de ses assiduités tandis que Jerry lui fait part de ses inquiétudes. Son épouse lui paraît bizarre. Les déclarations du premier mari de Diana ne rassurent pas les deux hommes...

Au pied de la ville d’Orse s’étend l’abysse, une faille gigantesque à la profondeur inconnue habitée par d’étranges créatures et emplie d’antiques reliques. Depuis des années, ce gouffre attire de nombreux aventuriers séduits par l’aura de mystère qui l’entoure. On les appelle « les caverniers ». C’est ici que vit Rico, une jeune orpheline obsédée par l’Abysse et désirant marcher dans les traces de sa mère. Un jour, lors de ses prospections, elle découvre le corps inanimé d’un jeune garçon. Elle n’imagine alors pas à quel point cette découverte va changer sa vie et accélérer son destin...

Jimmy Kristidis est obsédé par le fait d'être un grand joueur de football. Pour ce faire, il décide de rencontrer Pelé afin qu'il l'entraîne et le conseille pour devenir, comme lui, le meilleur footballeur de tous les temps...

Directement après les événements du film « Made in Abyss Movie 3: Dawn of the Deep Soul » cette saison de Made in Abyss couvre l'aventure de Reg, Riko et Nanachi au 6ème palier, la capitale des non-retournés.