Un groupe de réfugiés tente de recoloniser la Terre 20 000 ans après sa conquête par Godzilla. Mais un jeune homme est bien déterminé à prendre sa revanche.

Esseulé, le mystérieux Killy poursuit sa recherche du terminal génétique jusque dans un village aux abois et accepte de venir en aide aux habitants.

L'alliance terrestre s'affaiblit, et Haruo envisage de rejoindre les Exif, dont le culte funeste cherche à invoquer un monstre capable de détruire le monde.

Tamara, Sylia et Alexia sont des cambrioleuses. Elles volent un tableau dans un musée à peu près au même moment où Lupin III vole lui-même un autre tableau. Les deux tableaux font partie de la série de Michael Heinz intitulée "La Fille aux Fleurs". Ces tableaux pourraient aider les filles à retrouver leur père. Lorsqu'elles apprennent que Lupin poursuit la même cible, elles redoublent d’effort.

Sur Terre, Haruo et ses acolytes entrent en contact avec la tribu des Houtuas. Pour vaincre Godzilla, ils entament un périple vers les anciens locaux de Mechagodzilla.