Sa mère étant morte alors qu’il était encore jeune, le Genji ne peut prétendre au trône et par conséquent, l’Empereur l’engage à fonder une nouvelle branche impériale. Au fil de l’œuvre, la vie du Genji oscille entre ses amours et ses ambitions politiques, la passion et la solitude. Charmeur et raffiné, il n’aura de cesse de façonner son idéal féminin.

Le puissant seigneur Yagyu est prêt à tous les sacrifices pour maintenir au pouvoir le shogun que l'on veut évincer pour raisons de santé; même à faire assassiner son propre fils.

Zatoichi se retrouve fortuitement invité à une cérémonie qui réunit tous les clans yakuzas de la région, sous l'égide de leur chef suprême, un cruel et démoniaque parrain, aveugle comme lui. D'abord accueilli comme un des leurs, le "parrain Zatoichi", porte-parole de valeurs morales très personnelles, devient vite un convive gênant. Craignant qu'il ne nuise au bon déroulement de la cérémonie qui doit élire son successeur, le roi de la pègre, surnommé aussi le "shogun de l'ombre", décide d'éliminer Zatoichi. Pour cela, il va utiliser la seule arme capable, d'après lui, de terrasser le bretteur hors pair : la séduction. Et, effectivement, Zatoichi va tomber éperdument amoureux de la femme chargée de le tuer...