Japon, 1936. Taki quitte sa campagne natale pour travailler comme bonne dans une petite maison bourgeoise en banlieue de Tokyo. C’est le paisible foyer de Tokiko, son mari Masaki et leur fils de 6 ans. Mais quand Ikatura, le nouveau collègue de Masaki, rentre dans leurs vies, Tokiko est irrésistiblement attirée par ce jeune homme délicat, et Taki devient le témoin de leur amour clandestin. Alors que la guerre éclate, elle devra prendre une terrible décision. Soixante ans plus tard, à la mort de Taki, son petit neveu Takeshi trouve dans ses affaires une enveloppe scellée qui contient une lettre. Il découvre alors la vérité sur ce secret si longtemps gardé.

Au XIVe siècle, en France, Jeanne, une jolie paysanne, est violée par son seigneur le soir même de ses noces avec celui qu’elle aime, Jean. C’est le début d’une longue suite d’avanies, qui vont la pousser à devenir sorcière sous le nom de Belladonna, avant de tomber dans les griffes de l’Inquisition…

Zatoichi, dont la tête a été mise à prix, vient trouver refuge dans un village qu’il visita 3 ans auparavant. Mais l’endroit est depuis tombé entre les mains du parrain Masagoro, réputé pour avoir dérobé une cargaison d’or du Shogun. Masagoro vient d’embaucher un mystérieux garde du corps (Toshiro Mifune), amoureux de la maîtresse d’un marchand, père et rival de Masagoro. Ichi se fait recruter par ce marchand et commence à entretenir une étrange amitié / rivalité avec le garde du corps. La guerre entre les clans gronde...