Nanami Takahashi arrive pour son premier jour au lycée. Ne connaissant personne, elle décide de se faire au plus vite de nouvelles amies. Pour cela, elle participe aux discussions qui se centrent toutes autour d'un jeune homme, Yano Motoharu. Elève doué, beau, souriant... Toutes les filles semblent folles amoureuses de lui. Ce qui n'est pas le cas de Nanami. Cependant, elle va apprendre peu à peu à le connaître, et va finir par être séduite à son tour par sa gentillesse et sa délicatesse. Mais Nanami découvrira que, derrière les sourires de Yano, se cache un douloureux passé.

L'histoire d'Akai Ito tourne autour du « fil rouge » du destin reliant les jeunes Mei et Atsushi (tous deux nés un 29 février) et des épreuves auxquelles ils font face : situation familiale compliquée, histoires d'amour, d'amitié, problèmes de drogue…

Autrefois existait une tribu d'êtres exceptionnels : la Tribu d'Or. Un jour, il décidèrent d'inviter d'autres peuples à les rejoindre, c'est ainsi que naquirent la Tribu d'Argent, première à répondre à l'appel, la Tribu de Bronze, puis la Tribu des Héros. Par la suite, les années passèrent, les différentes tribus se développèrent, se combattirent... toutes à l'exception de la Tribu d'Or qui, peu à peu, se lassa de cette galaxie. Mais au moment où ils allaient partir, un dernier peuple répondit à leur appel : les Hommes devinrent la Tribu de Fer. Depuis ces événements, les choses ont bien changés : les Heros ont été punis par la Tribu d'Or pour leurs actions : seuls 5 sont restés en vie et ont été emprisonnés dans le corps d'autres personnes qui usent de leurs pouvoirs. La Tribu d'Or a quitté la galaxie et la Tribu d'Argent, alliée à la Tribu de Bronze, s'est emparé de la Terre, forçant ainsi la Tribu de Fer à l'exil spatial. La princesse Dianeira, membre de cette fameuse Tribu exilée, parcourt l'univers à bord de son vaisseau, l'Argonaut, afin de retrouver le 5è Nodos : le 5è et dernier Héros qui n'est pas encore tombé aux mains de la Tribu d'Argent. Il est l'unique espoir de son peuple, pour reconquérir leur planète. Mais quelle n'est pas sa surprise lorsqu'elle découvre que leur "sauveur" est un jeune "sauvage" du nom de Age. Mais ce garçon n'est pas aussi innocent qu'il en a l'air ! De plus, il est le seul être de la galaxie à avoir été élevé par la Tribu d'Or! Les Terriens ont enfin une chance de gagner leur bataille!