En 1484, alors que la guerre civile fait rage au Japon, le Bioking, un robot géant venu tout droit de la planète Bio, réunit 5 jeunes gens qu'il annonde de bio-particules dans l'espoir que les futures générations puissent intervenir en cas de danger. 500 plus tard, le Bioking se réveille. La Terre étant en péril, il recherche les descendants des 5 japonais irradiés afin de leur faire prendre conscience de leur pouvoir et de leur destinée : combattre le Docteur Mad et son empire pour sauver la Terre.