Depuis la mort de son père, Yona vit seule avec sa mère. Chaque soir, elle parcourt les rues habillée d'un costume de pingouin, certaine qu'elle finira par voler comme son père le lui avait promis. Une nuit, elle rencontre une étrange marionnette, qui l'entraîne jusqu'à un village de Gobelins. Les Gobelins sont persuadés qu'elle est l'oiseau sans ailes qui viendra un jour les sauver...

Dans le Japon de l'après-guerre, à Suo, une ancienne capitale vieille de mille ans, au printemps 1955, une petite fille de neuf ans nommée Shinko s'amuse à imaginer le monde tel qu'il était il y a mille ans, grâce aux histoires de son grand-père qu'elle affectionne. Une nouvelle élève timide et réservée, Kiiko Shimazu, est transférée en cours d'année dans son école. Les deux fillettes vont se lier d'amitié et partager d'inoubliables expériences, grâce à la Magie Millénaire.