À Dresde en 1937, le tout jeune Kurt Barnet visite, grâce à sa tante Elisabeth, l’exposition sur "l’art dégénéré" organisée par le régime nazi. Il découvre alors sa vocation de peintre. Dix ans plus tard en RDA, étudiant aux Beaux-arts, Kurt peine à s'adapter aux diktats du « réalisme socialiste ». Tandis qu'il cherche sa voix et tente d’affirmer son style, il tombe amoureux d'Ellie. Mais Kurt ignore que le père de celle-ci, le professeur Seeband, médecin influent, est lié à lui par un terrible passé. Épris d’amour et de liberté, ils décident de passer à l’Ouest…

Palestine, 1200 ans avant J-C : Une révolte gronde au sein du peuple hébreu, sous le joug des philistins. Mais aucun homme n'est assez courageux pour devenir leur chef et organiser leur libération. Un jour pourtant, un inconnu apparaît à une femme du nom de Mara et lui annonce : 'Tu mettras au monde un fils. Il sera plus fort que cent hommes et désigné pour lutter contre les philistins. En signe d'obéïssance au Seigneur, il ne faudra jamais lui couper les cheveux'... Plus tard, cet enfant appelé Samson devient célèbre, surtout lorsqu'il tue Mahal, le chef de l'armée philistine. Le Général TARIQ propose alors au Roi un plan pour se débarrasser de Samson. Dalila devra le séduire et découvrir le secret de sa force...

En l'an 2000, une gigantesque explosion se produit en Antarctique, provoquant un cataclysme qui dévaste une grande partie de la planète. Les autorités déclarent que cette catastrophe est due à la chute d'un astéroïde. Quinze ans plus tard, l'humanité a surmonté cet événement, appelé le Second Impact. Mais de mystérieuses créatures nommées Anges font leur apparition, et tentent de détruire Tokyo-3, la nouvelle capitale-forteresse du Japon, construite après le Second Impact. Pour les combattre, l'organisation secrète NERV a mis au point une arme ultime, l'« Evangelion » ou « Eva », géant anthropoïde piloté comme une simple mécanique, mais en réalité créature bien mystérieuse. Shinji Ikari, quatorze ans, se rend à Tokyo-3 sur invitation de son père, qu'il n'a pas revu depuis 10 ans. Il est loin de se douter qu'il sera impliqué dans un conflit qui pourrait bien signifier la fin de l'humanité quoi qu'il arrive…