An UC 0123. Trente ans se sont écoulés depuis l'ultime révolte de Char Aznable ( évènements de la première saga clause par le film Mobile Suit Gundam : Char contre-attaque) et la Terre connaît une période de paix et de prospérité sans précédent. La guerre paraît déjà lointaine et Neo Zeon n'est plus qu'un souvenir. Pourtant, cette quiétude ne durera pas longtemps... La puissante famille Ronah, à la tête de l'organisation militaire Crossbone Vanguard, s'empare des colonies spatiales Frontier Side et proclame son indépendance et la création d'une utopie politique : Cosmo-Babylone. Pour Seabook Arno et ses amis, c'est le début de l'horreur le jour où Crossbone Vanguard attaque leur colonie. Tandis que Seabook prend les commandes du prototype Gundam F91 pour protéger sa vie, sa petite amie Cecily Fairchild est kidnappée par Crossbone Vanguard...

Joe Yabuki, 15 ans, est un jeune orphelin roublard et bagarreur. Arrivant dans un bidonville, ses talents au combat attirent l'intérêt de Tange Danpei, ancien boxeur alcoolique qui décide de l'entraîner pour en faire un boxeur exceptionnel. Seulement, Joe Yabuki n'est pas trop intéressé par cette idée, et a des problèmes avec les autorités.

Joe Yabuki, 15 ans, est un jeune orphelin roublard et bagarreur. Arrivant dans un bidonville, ses talents au combat attirent l'intérêt de Tange Danpei, ancien boxeur alcoolique qui décide de l'entraîner pour en faire un boxeur exceptionnel. Seulement, Joe Yabuki n'est pas trop intéressé par cette idée, et a des problèmes avec les autorités.

Enfant trouvé, Rémi a été mis en nourrice chez un couple de cultivateurs. La vie à la ferme est rude mais la mère Barberin le choye et fait tout son possible pour qu'il ne manque de rien. La situation change le jour où le père Barberin revient, estropié, de son travail. Le bras en écharpe, Jérôme Barberin ne peut plus subvenir aux besoins de la famille. Le peu de scrupules que possède cet homme s'envolent lorsqu'il rencontre un artiste ambulant. Jérôme Barberin lui vend l'enfant pour cinquante sous en dépit des protestations et des larmes de sa femme. Comédien ambulant, le signor Vitalis parcourt le pays avec ses trois chiens (Capi, Dolce et Zerbino) ainsi qu'un petit singe prénommé Joli-coeur. Une nouvelle vie d'aventures commence alors pour Rémi.

Jeune journaliste ambitieux et idéaliste, Tetsuya Wakatsuki va vivre l'invasion de la Terre par les forces extraterrestres de l'Empire Santovasku. Fait prisonnier par l'ennemi, il se retrouve dans les quartiers personnels de la princesse Kahm qui décide de l'épouser afin de défier son père l'empereur en s'émancipant de son autorité...

Le célèbre Lupin dévalise un casino mais s’aperçoit que les billets volés sont des faux. En compagnie de son acolyte Jigen, Lupin enquête sur cette fausse monnaie qui le conduit au château de Cagliostro. Ils apprennent alors qu’une princesse, enfermée dans le château, détiendrait la clé d’un fabuleux trésor…

Luffy et son équipage sont à la recherche du trésor de "Crown Island" dont Nami a récupéré une carte. Soudain le Going Merry est éjecté dans les air par la mer. Chopper dégringole dans la jungle de "Crown Island" où il est accueilli comme un roi animal attendu par une centaine d'animaux. Mais sur l'île se trouve également des chasseurs à la recherche des légendaires cornes qui procurerait un pouvoir immense à celui qui les mangerait. Luffy et ses amis doivent alors empêcher ces malfaiteurs de détruire le royaume des animaux.

Akira Fudô, un timide étudiant, se voit contacter par son ami Ryô dans l'urgence. Celui-ci lui révèle que les démons, endormis depuis des lustres, sont à présent prêts à récupérer la Terre qui leur appartenait autrefois. Pour les en empêcher, Akira doit fusionner avec un des leurs, afin d'obtenir suffisamment de puissance pour les combattre, ce qui va en plus de lui octroyer le corps du légendaire Amon, changer progressivement sa personnalité.

L’histoire se déroule un peu avant et durant la révolution française ; Mathilde Pasquier (Simone Lorraine dans la version originale), une jeune vendeuse de fleurs, devient la nuit une justicière masquée au nom symbolique "d’Épée de la Liberté" (Étoile de la Seine en VO). Elle se bat sur son bel étalon blanc aux côtés de François de Vaudreuil (Robert de Forge en VO) dit la "Tulipe Noire", un jeune homme masqué lui aussi qui monte un joli cheval noir. Elle combat pour les habitants opprimés de Paris et les aide dans la lutte contre le despotisme des aristocrates qui s'affrontent pour le pouvoir. On apprendra que Mathilde est en fait la fille illégitime du roi d’Autriche, donc la demi-sœur de Marie-Antoinette qu’elle va aider à son tour.

Sur la planète Agerna coexistent deux nations dont les idéologies sont aux antipodes: la nation d'Edia est capitaliste, l'autre Uldas est communiste. Néanmoins elles ont cependant un point commun: elles exploitent tous les deux, le Vizorium, un métal rare et précieux qui constitue une matière première de grande qualité. Un jour des monstres attaquent et anéantissent un laboratoire de Uldas qui exploitait ce minerai.Le dirigeant de cette nation fait part de ce drame à un homme d'affaires de Eldia. Le président d'Uldas est persuadé qu'il s'agit d'un coup monté fomenté par leur nation voisine et rivale afin que celle ci détienne le monopole du marché de Vizorium. Afin de pouvoir dissiper le malentendu et disculper son pays, l'homme d'affaires d'Eldia fait appel à la WWWA et engage Kei et Yuri afin qu'elles mènent leur enquête et qu'elles retrouvent et arrêtent le véritable coupable ayant accompli ce forfait et commandité l'attaque des monstres.

À l’approche de l’année 3000, un système solaire déchiré par la guerre est envahi par l’Alliance impériale à la recherche d’un être suprême, le F-01. Le vaisseau spatial expérimental Bomber X avec son jeune équipage doit découvrir le secret du F-01 et le tourner contre l’Alliance impériale, sinon tout sera perdu.