Scooby-Doo et tous ses amis embarquent à bord d'un bateau pour une croisière dans le Triangle des Bermudes. Rapidement, l'expédition prend une tournure catastrophique. En effet, la bande de Scooby-Doo se retrouve confrontée à toutes sortes de créatures terrifiantes. Scooby-Doo doit faire preuve d'un courage à toute épreuve pour affronter spectres, extraterrestres et pirates fantômes. Ces derniers sont sans conteste les plus redoutables, puisqu'ils coulent les navires croisant dans les eaux du Triangle des Bermudes à coup de boulets de canons...

L'année scolaire est enfin terminée et T.J. Detweiler a hâte d'être en vacances. Mais il découvre que le Dr Benedict, un ancien directeur fou, veut utiliser un laser pour altérer la météo, créer un hiver éternel et éliminer les vacances. Face à la menace de l'école à l'année, la bande se trouve des alliés inattendus, Mlle Finster et le directeur Prickly, dans une folle aventure pour sauver l'été.

Le principal Prickly, accompagné de Miss Finster et Miss Grotker, voyant leur voiture bloquée par la neige juste à la sortie de l'école décident, pour passer le temps, de se remémorer différentes anecdotes sur leurs écoliers.