De mystérieuses créatures ont colonisé la Terre en prenant possession de certains habitants. Un lycéen, Shin’ichi, a été contaminé, mais son cerveau est épargné. Seul son bras droit est possédé par un parasite, Migi, qu'il apprend peu à peu à connaître. Tous deux doivent désormais cohabiter, mais dans le même temps, Shin’ichi comprend que la prolifération des parasites menace, à terme, l’espèce humaine.

Huit mois après les derniers événements, alors que Genji est sur le point d'être diplômé du lycée Suzuran, il se voit contraint de régler une dernière affaire avec une école rivale.

En 20XX, le Japon est rempli de cyborgs. Les humains ont développé l'intelligence artificielle JUDA pour protéger la Terre. Cependant, JUDA a commencé à attaquer les humains car ces derniers planifient une guerre nucléaire et sont les véritables ennemis de la Terre. Le combat entre les humains et les cyborgs a rasé le Japon. Une société militaire a commencé à développer une arme secrète. Avant son achèvement, l'arme a été volée. Si l'arme est terminée, il y aura une guerre finale. Les justiciers de la "Résistance" ont senti le danger et se sont levés. Pendant ce temps, les gens ont été transformés en arme du crime après leur mort. Ces cyborgs, dont Chris, ont perdu la mémoire. Un jour, Chris a une rencontre fatidique avec une mystérieuse fille Sara. Cependant, la mystérieuse fille Sara était l'arme finale SARA.