Sous l'empire, nous retrouvant nos héros, six mois après le combat sur Malachor. Ezra a grandi et Kanan est devenu aveugle. Ils essayent tous ensemble de faire grandir la rébellion dans la galaxie, tout en faisant face à l'Empire (notamment le Grand Amiral Thrawn) et à des conflits entre les Mandaloriens. C'est ainsi qu'ils espèrent retrouver Ahsoka, disparue lors de son combat contre Dark Vador.

14 ans après l'épisode III et donc 5 ans avant l'épisode IV, c'est-à-dire entre l'an -19 et l'an 0 de la chronologie Star Wars1, la galaxie connaît une période sombre depuis que l'Empire galactique a étendu son emprise, Star Wars: Rebels propose de découvrir une planète très, très lointaine occupée et contrôlée d'une main de fer par les Forces Impériales. Dans cet univers en plein chaos, quelques habitants s'allient et décident d'unir leurs forces pour lutter contre les stormtroopers, combattants de l'Empire. À bord de leur vaisseau spatial, le Ghost, les 6 membres d'équipage hétéroclite doivent faire preuve de beaucoup d'ingéniosité, de persévérance et de courage pour vivre des aventures palpitantes mais risquées et affronter de nouveaux représentants du côté obscur de la Force pour devenir des héros.

Cette deuxième saison commence par le regroupement des rebelles de Lothal et de la cellule rebelle Phoenix de Ahsoka Tano. Ils combattirent l'Empire Galactique dans différents systèmes et notamment sur Lothal, en état de siège. Dark Vador attaqua seul la flotte rebelle et détruisit plusieurs vaisseaux dont la frégate de classe Pelta servant de vaisseau amiral au Commandant Jun Sato et à son Escadron Phoenix. Ce dernier proposa aux groupe du Ghost de trouver une nouvelle base pour la cellule rebelle. Ces derniers allèrent donc sur Seelos rencontrer Rex, sur le conseil d'Ahsoka. Après avoir rencontré Wolffe, Gregor et Rex, ce dernier donna les coordonnées de plusieurs bases abandonnées. Une partie du groupe se rendit dans l'une d'elle et dut affronter la Septième Sœur et le Cinquième Frère avant de fuir. Ezra eut par la suite une aventure avec Hondo Ohnaka, avant de combattre l'Empire au dessus d'Ibaar et de gagner grâce au Blade Wing de Quarrie. Sabine retrouva ensuite l'une de ses anciennes connaissances, Ketsu Onyo. Par la suite les rebelles durent combattre un nouveau vaisseau, l'Interdicteur Impérial et sauver des jeunes sensibles à la Force pourchassé par les Inquisiteurs. Finalement, l'Empire retrouva les rebelles sur Garel, les obligeant à fuir. Kanan et Ezra se rendirent sur Lothal où Ezra apprit la vérité sur ses parents grâce à Ryder Azadi. La Princesse Leia Organa apporta son aide de la part de son père en amenant trois corvettes Hammerhead à la rébellion. Par la suite, les rebelles recherchèrent de nouvelles routes en sécurité et pensèrent à celle de Concord Dawn. Ils rencontrèrent malheureusement les Protecteurs de Fenn Rau. Lors d'une mission, Garazeb Orrelios découvrit qu'il n'était pas le dernier Lasat, de nombreux autres vivant sur Lira San. Manquant de vaisseaux et de carburants, les rebelles menèrent une attaque contre une raffinerie de gaz de la Guilde Minière et contre un croiseur en orbite de Ryloth avec l'aide de Cham Syndulla, père de Hera. Par la suite, Garazeb Orrelios dut faire équipe avec Kallus pour survivre sur Bahryn, lune de Géonosis. Ahsoka Tano, Ezra et Kanan se rendirent au Temple Jedi de Lothal pour entrer en contact avec Yoda et savoir comment vaincre les Inquisiteurs. Celui-ci les guida vers Malachor. Enfin, les rebelles trouvèrent un emplacement pour une base sur Atollon grâce à AP-5, droïde de protocole RA-7 rencontré par Chopper. Les trois Jedi se rendirent sur Malachor et rencontrèrent Dark Maul, celui tua la Septième Sœur, le Cinquième Frère et le Huitième Frère mais tenta de faire basculer Ezra du côté obscur de la Force. Kanan fut blessé et rendu aveugle, Ezra trouva un Holocron Sith et Ahsoka fut porté disparu après un combat contre Dark Vador ...

Cette saison commence sur Lothal avec la rencontre entre le jeune voleur, orphelin et sensible à la Force Ezra Bridger avec le groupe de rebelles de Lothal constitués de Kanan Jarrus, Hera Syndulla, Chopper, Garazeb Orrelios et Sabine Wren. Ensemble, ils combattirent l'Empire Galactique et libérèrent un groupe d'esclaves Wookiees sur Kessel ; durant ce combat, Kanan dû révéler sa véritable identité de Jedi. L'Agent Kallus du Bureau de Sécurité Impériale contacta alors Dark Vador qui envoya un Inquisiteur Pau'an les pourchasser. Par la suite, le groupe du Ghost réalisa une mission sur Garel où ils rencontrèrent R2-D2 et C-3PO, ils furent piégés sur Stygeon Prime par L'Inquisiteur, infiltrèrent l'académie Impériale de Lothal et partirent sur l'astéroïde PM-1203 pour récupérer de l'équipement pour le mystérieux Fulcrum, indicateur pour Hera. Ezra évolua ainsi au sein de sa "nouvelle famille", notamment avec Kanan qui s'occupa de sa formation de Jedi. Durant le Jour de l'Empire, Ezra découvrit que ses parents avaient été fait prisonniers par l'Empire grâce à son ami Tsoklo qu'il sauva. Il construit par la suite son sabre laser grâce à un cristal Kyber trouvé au Temple Jedi de Lothal. Finalement, les activités de ce groupe de rebelles gênant l'Empire, le Grand Moff Tarkin fut envoyé sur place pour les combattre. Il réussit, avec l'Inquisiteur et Kallus, à capturer Kanan et l'emmena dans le système Mustafar où les rebelles de Lothal attaquèrent le vaisseau de Tarkin. Il libérèrent Kanan qui combattit et tua l'Inquisiteur, il s'enfuirent ensuite, aidés de la cellule rebelle de Fulcrum qui se révéla être Ahsoka Tano, ancienne Jedi et Padawan de Anakin Skywalker.