Kugayama Shusei est le « prince » de son lycée, mais il a toujours refusé les déclarations d’amour… même celle de la meilleure amie de Nishimori Aoi. Bien qu’elle le déteste, lorsque Shusei emménage a coté de chez elle, elle commence à se dire qu’il n’est pas un si mauvais garçon.

Jeune lycéen, Hodaka fuit son île pour rejoindre Tokyo. Sans argent ni emploi, il tente de survivre dans la jungle urbaine et trouve un poste dans une revue dédiée au paranormal. Un phénomène météorologique extrême touche alors le Japon, exposé à de constantes pluies. Hodaka est dépêché pour enquêter sur l'existence de prêtresses du temps. Peu convaincu par cette légende, il change soudainement d'avis lorsqu'il croise la jeune Hina…

Mitsuha est une lycéenne, la fille du maire d'une petite ville nichée entre les montagnes. Vivant avec sa petite sœur et sa grand-mère, c'est une demoiselle franche qui n'hésite pas à dire qu'elle n'a pas envie de participer aux rituels shinto, ou d'aider son père dans ses campagnes électorales. En fait, elle rêve de pouvoir quitter cette ville où elle s'ennuie, pour partir tenter sa chance à la capitale. Taki est un lycéen, un tokyoïte qui travaille à mi-temps dans un restaurant italien, tout en aspirant à des études d'architecture ou dans les Beaux-Arts. Chaque nuit, il fait un rêve étrange, où il devient... une lycéenne campagnarde, vivant dans une petite ville entre les montagnes. Quel secret se cache derrière ces rêves mutuels, qui unissent ces deux êtres qui ne se sont jamais rencontrés ?