Les Neuroi sont apparus en 1939 et ont entamé une invasion de l'Europe. Face à cet ennemi, les forces alliés créèrent les Strike Witches, des sorcières pouvant voler grâce à une unité striker, une machine volante fixée à leurs jambes. Ce sont les derniers espoirs de l'humanité.

Les Neuroi sont apparus en 1939 et ont entamé une invasion de l'Europe. Face à cet ennemi, les forces alliés créèrent les Strike Witches, des sorcières pouvant voler grâce à une unité striker, une machine volante fixée à leurs jambes. Ce sont les derniers espoirs de l'humanité.

Dans le futur, le monde connait la paix depuis cinq ans grâce au développement d'une nouvelle source d'énergie assurant une production pour l'ensemble de la planète. Sur l'île de Izu Oshima la jeune Akane Isshiki mène une vie paisible avec sa soeur Momo et son grand-père. Cependant, le monde se retrouve soudainement en danger. De mystérieux ennemis, les Alone, visent la source d’énergie de la Terre. Là où toutes les armes conventionnelles se sont avérées inefficaces contre ces ennemis, Akane et ses quatre amies détiennent le seul pouvoir capable de les arrêter.