Au Japon, deux prisonniers en fuite, matricule KSC2-303 et un voisin de cellule, courent dans une forêt mystérieuse où ils ont donné rendez-vous à leurs complices. À leur arrivée, une voiture approche. Cinq yakusas en sortent. Les deux fugitifs sont pressés de partir, mais on leur donne l'ordre d'attendre le chef du gang. Les yakusas font descendre une jeune femme qu'ils commencent à frapper. KSC2-303 lui porte secours, s'empare d'un pistolet et abat un gangster. On le croyait mort, mais tel un zombie, il se relève et saute sur l'un de ses acolytes. Abasourdis par ce qu'ils voient, les tueurs criblent de balles le mort-vivant qui finit par s'écrouler. Profitant de la panique, KSC2-303 s'enfuit avec la demoiselle dans la forêt.

Dans un Japon déchiré par la guerre, le shogun Tokugawa, désespéré de rétablir la paix à son peuple, ordonne l'assassinat des chefs de guerre hostiles. Une belle jeune femme, avec neuf autres orphelins, est élevée depuis sa naissance à devenir un assassin. Son nom est Azumi, l'assassin ultime.

Suite à sa survie à son exécution, un condamné à mort accepte de participer à une expérience. Le gouvernement en profite alors pour tester un nouveau virus extraterrestre...