2720, sur une Terre dévastée. Un enfant est élevé à l'écart du reste du monde dans des quartiers de haute technologie. Pour son anniversaire, on lui offre une nounou robot, programmée pour lui enseigner. Quelques années plus tard, il s'engage dans l'Armée Spatiale et, accompagné de sa "nounou", part à la recherche de l'Oiseau de Feu, une créature mythique, source d'énergie.

Après avoir épuisé sans relâche les ressources de la planète, les hommes ont finalement réussi à rendre la Terre inhabitable, provoquant l'extinction d'une grand partie de l'Humanité. Des années plus tard, les survivants ont créé une société en apparence utopique, mais régie par des règles strictes. Toute personne menaçant l'équilibre de ce nouveau monde est aussitôt éliminée. Jomy Marcus Shin, 14 ans, va un jour s'interroger sur son monde et la façon dont il fonctionne. Il deviendra alors une cible pour le gouvernement, mais aussi pour une organisation anti-gouvernementale qui tente de le protéger.

Les aventures d'un petit garçon qui voyage de planète en planète à bord d'un train, le Galaxy Express 999, dans le but de venger la mort de sa mère.

Au XIIe siècle, les guerres de clans font rage au Japon. Le prince Yoshitsune est pourchassé par son frère aîné, jaloux de sa récente victoire sur le clan Heike. Yoshitsune prend la fuite, aidé par six fidèles vassaux déguisés en moines pour tromper leurs poursuivants. Mais avant de quitter le territoire, il leur faut traverser le poste-frontière d’Ataka, minutieusement gardé par les hommes de son frère…