Sur une île en forme de croix, au sud du Japon, existe de mystérieuses ruines souterraines dans lesquelles se cachent de gigantesques robots humanoïdes nommé "Cybodies".Dans l'ombre, un groupe appelé "Order of the Glittering Star Cross" kidnappe une jeune fille du nom de Wako Agemaki et surnommée "shrine maiden". Leur but : rompre le sceau grâce à Wako qui est la clé pour activer ces robots.Takuto Tsunashi est un jeune garçon, nouveau sur l'île, venu avec son propre Cybody pour sauver Wako.La lutte pour découvrir le secret des ruines débute.

Kakeru Satsuki, dont la sœur aînée est morte quelques années plus tôt, tente de mener une vie normale en compagnie de son amie Yuka Minase. Pas évident, car le souvenir du drame est encore vif dans son esprit. Un jour comme les autres, paralysés par une douleur aussi violente que soudaine, ils se retrouvent téléportés dans une autre dimension où le ciel et la lune sont teintés de rouge. Rapidement, une horde de monstres les attaquent, et la lutte pour la survie commence. Ils découvriront qu'ils ne sont pas seuls : d'autres élèves possédant des aptitudes hors du commun sont dans la même situation qu'eux. Afin de protéger Yuka, Kakeru décide d'apprendre à se battre auprès d'eux, car les gardiens de cette « Nuit Rouge » semblent bien décidés à éliminer ces jeunes gens qu'ils appellent Fragments.