Le monde est en grand danger ! Considérant les Alters comme un fléau, l’organisation Humarise a décidé d’éradiquer les détenteurs de ces pouvoirs de la surface du globe. Pour ce faire, elle a placé des bombes exacerbant les Alters, jusqu’à en tuer leurs possesseurs. Tous les super-héros et les apprentis de Yuei sont envoyés à travers le monde pour éviter la catastrophe. Alors que Deku, Katsuki et Shoto suivent Endeavor pour endiguer la menace, Deku se retrouve accidentellement impliqué dans un incident et activement recherché par les autorités. Mais l’horloge tourne et ils n’ont que deux heures avant que ne se produise le pire. Face à un péril d’une ampleur sans précédent, le sort du monde et celui des héros repose désormais entre leurs mains !

La classe 1-A de U.A. a été envoyée sur l’île isolée de Nabu dans le cadre d’un programme de sécurité, ce qui équivaut à des actes mineurs de la part des étudiants, car l’île est pratiquement exempte de criminalité. Izuku Midoriya, titulaire du One for All, un pouvoir d’une immense puissance héritée, rencontre Mahoro Shimano et son frère Katsuma, résidents de l’île. S’unissant à eux avec son rival Katsuki Bakugo, ils découvrent que Katsuma souhaite devenir un héros, mais Mahoro cherche à le dissuader, estimant que son Alter n’est pas adapté à une ligne de travail dangereuse.Pendant ce temps, le père de Mahoro et Katsuma, qui possède un Alter curatif appelé Cell Activation, est attaqué par Nine et son groupe.

Les examens finaux sont enfin terminés, et les élèves de Yuei se préparent pour le camp d’été. Izuku et All Might reçoivent une invitation d’une certaine personne pour partir à l’étranger dans une immense ville ambulante appelée « I-Island ». Dans cette île qui regroupe les connaissances de scientifiques du monde entier, se tient l’I-Expo, un événement dédié aux résultats de recherches sur les Alters et les superhéros. Izuku y fait la rencontre de Melissa, une fille sans Alter qui lui rappelle son passé. Soudain, l’imprenable système de sécurité de l’île est piraté par des vilains, et tous les habitants de l’ile se retrouvent pris en otage. Un plan capable d’ébranler la société des héros est en marche ! Et la personne au coeur de tout cela, est le héro numéro 1 et symbole de la paix : All Might.

En 2013, à la suite de la dernière grande guerre, la majeure partie de la surface habitable disparut et, de ce fait, les armements militaires furent interdits. Ce fut le traité de Babylone qui organisa une seule entité indépendante pour gouverner les six régions restantes. Shion habite dans une de ces régions très contrôlées et hiérarchisées, appelée No. 6. Il fait partie de la future élite de la ville et suit un enseignement spécial depuis l'âge de deux ans. Une nuit, il sauve un garçon surnommé le Rat (Nezumi), qui a échappé à la police de sécurité. À partir de ce moment-là, la vie de Shion prend un tournant radical et ne sera plus jamais la même.