Lyra, 12 ans, est une orpheline rebelle qui vit à Jordan College, un établissement de l'Université d'Oxford, dans un monde parallèle qui ressemble au nôtre mais qui a évolué de façon un peu différente. Elle a pour compagnon Pantalaimon, son dæmon, un être capable de prendre de nombreuses formes animales. Le monde de Lyra est en train de changer. L'organisme gouvernemental global, le Magisterium, resserre son emprise sur le peuple. Ses sombres activités l'ont poussé à faire enlever des enfants par les mystérieux Enfourneurs. Parmi les gitans, qui ont perdu beaucoup des leurs, court une rumeur : les enfants sont emmenés dans une station expérimentale quelque part dans le Nord, et on pratique sur eux d'abominables expériences... Lorsque Roger, le meilleur ami de Lyra, disparaît à son tour, la petite fille jure d'aller le chercher, jusqu'au bout du monde s'il le faut.

Un soir à Tokyo, les étudiants Yamane Mugi et Hachiya Kinu font connaissance après avoir raté tous les deux le dernier train à la gare de Meidaimae sur la ligne Keio. Partageant les mêmes goûts en terme de musique ou de cinéma, ils se rapprochent très vite et commencent à sortir ensemble. Après avoir fini leurs études, ils s'installent dans le même appartement tout en travaillant à temps partiel. Tandis que le célèbre centre commercial PARCO de Shibuya ferme ses portes, que l'émission SMAPxSMAP s'arrête après plus de vingt ans à l'antenne, leur petite vie de couple, agrémentée de l'adoption d'un chat abandonné, poursuit son train-train immuable pendant que les deux jeunes gens cherchent un emploi plus stable. Cinq années d'une relation qui malgré les apparences pourrait bien se terminer aussi soudainement qu'elle a commencé.

Kai Yuuki étudiant en dernière année s'apprête à rentrer dans la vie active. Il démarche auprès des grandes compagnies dans l'espoir de trouver un emploi stable de salaryman même si cela l'éloigne de son ambition de travailler à la réhabilitation de personnes handicapées. Alors qu'il revient d'un entretien d'embauche, il rencontre sur son campus une belle mais étrange violoniste, Sae Hagio, sourde et muette depuis 4 ans. S'engage alors une histoire d'amour et d'amitié difficile dans laquelle chacun va influencer la vie de l'autre. En toile de fond de cette histoire d'amour se dessinent les aventures de la Orange Society, la bande d'amis dont vont faire parti Kai et Sae et au sein de laquelle chacun essaie de préparer son futur à sa manière.

En 2023, face au risque de submersion catastrophique qui menace la région de Kanto, bureaucrates et journalistes sont pris entre corruption, panique et devoir de vérité.