En 15 ans de carrière chez les Men In Black, l’agent J a vu beaucoup de phénomènes inexplicables… Mais rien, pas même le plus étrange des aliens, ne le laisse aussi perplexe que son partenaire, le sarcastique K. Lorsque la vie de K et le destin de la Terre sont menacés, l’agent J décide de remonter le temps pour remettre les choses en ordre. Il va alors découvrir qu’il existe certains secrets de l’univers que K ne lui a jamais révélés. Il est cette fois obligé de faire équipe avec l’agent K, plus jeune, pour sauver la vie de son partenaire, l’agence, et l’avenir même de l’humanité…

Au moment même où une troupe d'observation perd son local, un de ses membres décroche une apparition dans la plus grosse émission de télévision...