Dans cette saison, le Docteur doit garder un coffre géant qu'il a caché dans les sous-sols de l'université où il enseignera. Au fur et à mesure, on devine que l'entité qui est à l’intérieur est toujours vivante... Dans cette université, il va rencontrer celle qui deviendra sa nouvelle compagne Bill Potts et Nardole, qu'il avait rencontré dans l'épisode de Noël 2015: Les Maris de River Song, restera à ses cotés tout au long de la saison. Bill Potts tiendra le rôle de compagne , là où Nardole tiendra un rôle un peu plus effacé d'assistant.

Ceci est la deuxième série mettant en vedette Peter Capaldi comme étant le douzième Docteur, un Seigneur du Temps extraterrestre qui voyage à travers le temps et l'espace dans son TARDIS, qui semble être une boîte de police britannique à l'extérieur. Jenna Coleman sera de retour comme le compagnon du Docteur Clara Oswald.

Le Docteur a plus de 2000 ans. Le fil conducteur de cette saison est l'évocation d'une mystérieuse "Terre Promise". Le nouveau Docteur semble plus distant et difficile à cerner, la saison tourne autour d'une question: le Docteur est-il un homme bon ?

Après sa régénération explosive, le Onzième Docteur est propulsé dans le Londres de 1996. Celui-ci fait la connaissance d'une jeune londonienne, Amy Pond, qui devient son assistante. Bientôt rejoint par Rory Williams, petit ami de cette dernière, il se retrouve confronté à l'omniprésence de failles spatio-temporelles menaçant l'univers tout entier. S'ajoutent à cela le retour d'anciens ennemis pour affirmer que les nouvelles aventures du Docteur ne seront pas de tout repos...

Le Docteur et Rose s'embarquent pour de nouvelles aventures dans le temps et dans l'espace à bord du Tardis. Mais quand ils visitent le nouveau refuge de l'humanité, loin dans le futur, ils découvrent de terribles secrets cachés dans l'enceinte d'un luxueux hôpital. Qu'est ce que l'Institut Torchwood ? Que va t-il se passer pour que Rose devienne comme l'a dit la Bête : "la petite fille qui mourra si tôt dans la bataille" ?

La neuvième incarnation du Docteur rencontre Rose Tyler qui devient sa toute nouvelle compagne. Ensemble, ils explorent notamment l'an cinq milliards et le Londres du Blitz où ils rencontrent le Capitaine Jack Harkness. Cependant dans cette saison, l'élément commun à tous les épisodes est la présence du mot « Bad Wolf » (« Méchant loup »), dont la signification est expliquée dans les deux derniers épisodes.

Dès le début de la saison, le Docteur est tué au bord du Lac Silencio. Cette saison raconte le passé du Docteur précédant cette mort. Nous en saurons un peu plus sur River Song.

La Docteur continue ses voyages avec sa Tribu, lors d'un passage sur Terre le MI6 vient lui demander son aide. Après avoir retrouvé un vieil ennemi, elle va également se trouver confronté à des situations perturbantes et découvrir des choses incroyables qui vont lui montrer que tout ce en quoi elle croyait serait un mensonge.

Marqué par la disparition de Rose Tyler, le dixième Docteur rencontre alors Martha Jones, jeune interne en médecine, qui tombe aussi amoureuse de lui. Dans cette saison comme dans la première, l'élément commun est l'évocation récurrente d'un mot à savoir ici "Harrold Saxon", qui n'est autre qu'un ancien ennemi du Docteur, le Maitre. Il n'apparaît vraiment que dans les derniers épisodes de la saison, qui se termine sur le départ de Martha Jones, laissant le Docteur une nouvelle fois seul.

Le Docteur enquête sur une nouvelle pilule miracle pour maigrir derrière laquelle se cache une terrible vérité. Donna Noble enquête aussi sur la même affaire... Dans cette saison , le Docteur va entendre parler de planètes qui disparaissent.A cause de qui et comment ont elles disparu ?

"Les derniers jours des Pond arrivent" Le temps passe et les apparitions du docteur dans la vie des Pond se font de plus en rares, il manque à nos deux amoureux c'est bien réciproque, encore quelques aventures avant de retournée à leur vie maritale? La vie ayant ses priorités, il est temps pour notre docteur de se trouver une nouvelle compagne pour ses aventures, mais, qui sera t'elle? Où et comment le Docteur la rencontre font partie d'un plus grands mystères que le Seigneur du Temps n'a encore jamais rencontré....

Alors que la Docteur accompagnée de Yaz cherche des réponses sur son passé, elle est entraînée dans une course poursuite pour sauver l'Univers du Flux. Un nouveau compagnon, Dan Lewis, rejoint le Tardis et les aidera à combattre les terribles Ravageurs.

Julia Jarmond, journaliste américaine installée en France depuis 20 ans, enquête sur l'épisode douloureux du Vel d'Hiv. En remontant les faits, son chemin croise celui de Sarah, une petite fille qui avait 10 ans en juillet 1942. Ce qui n'était que le sujet d'un article devient alors, pour Julia, un enjeu personnel, dévoilant un mystère familial. Comment deux destins, à 60 ans de distance, vont-ils se mêler pour révéler un secret qui bouleversera à jamais la vie de Julia et de ses proches? La vérité issue du passé a parfois un prix dans le présent...

Le Docteur vient de se régénérer et est désormais une femme. Elle est éjectée de son Tardis et atterrit dans un train où il se passe des trucs étranges. Elle rencontre ainsi Graham O'Brien, Ryan Sinclair et Yasmin Khan qui vont se retrouver embarquer malgré eux dans ses aventures dans l'espace et le temps.

À trente ans, Ben est sur le point d'épouser Juliette. Sa petite vie tranquille et sans danger va basculer lorsqu'il retombe sur la personne qu'il a secrètement le plus envie de revoir : Vanessa, la bombe du lycée qui ne l'avait jamais regardé. Elle est de retour à Paris et ne connaît, aujourd'hui, que lui…

Comme tous les matins, Martin Kazinski se lève pour aller travailler. Mais ce jour là est différent des autres, des centaines de personnes le reconnaissent dans la rue et rapidement la foule s'amasse autour de lui. Pourquoi ? Qu'à t-il fait pour devenir célèbre ? Et surtout, comment redevenir la personne banale qu'il a toujours été ?

Paris, années 60. Jean-Louis Joubert, agent de change rigoureux et père de famille "coincé", découvre qu’une joyeuse cohorte de bonnes espagnoles vit au sixième étage de son immeuble bourgeois. Maria, la jeune femme qui travaille sous son toit, lui fait découvrir un univers exubérant et folklorique à l’opposé des manières et de l’austérité de son milieu. Touché par ces femmes pleines de vie, il se laisse aller et goûte avec émotion aux plaisirs simples pour la première fois. Mais peut-on vraiment changer de vie à 45 ans ?

Dernier représentant des Seigneurs du temps et âgé de plus de 900 ans, Le Docteur parcourt l'espace et le temps dans son TARDIS. Amoureux de la race humaine, il se fait régulièrement accompagner par une femme ou un homme. Partagé entre folie et génie, insouciant mais conscient de ses responsabilités, il défendra l'humanité quel que soit le prix à payer.