Alors que l'alchimiste Edward Elric cherche un moyen de reconstituer le corps de son frère Al, le gouvernement militaire et de mystérieux monstres le surveillent de près.

En 2077, le Japon domine les secteurs de la robotique et de la biotechnologie. Mais les Nations-Unies considèrent ces avancées technologiques comme une menace pour l'humanité et mettent en place un système de réglementation draconien. Le Japon se retire alors de l'ONU et s'isole complètement du reste du monde. Dix ans plus tard, une unité des forces spéciales américaines - dont l'un des membres est le Lieutenant-Commandant Vexille - est envoyée pour enquêter sur la situation réelle au Japon. Ce qu'ils vont découvrir changera la face du monde ?

Un matin ordinaire de Tokyo, les passagers se retrouvent soudain à lutter pour leur survie lorsque leur wagon de train saute dans un futur apocalyptique.