L'histoire suit Mire Yoshizuki, 27 ans, employée de bureau de Tokyo qui vient de rentrer au Japon, Sora Nagase, 22 ans, étudiante de quatrième année, qui aspire à devenir enseignante, et Hiroshima, jeune garçon de 20 ans, à temps partiel. Okonomiyaki, ouvrière et pigiste Reika Kawatani. Ce qui rassemble ces trois femmes d'horizons complètement différents est un joyau magique. Une "nouvelle histoire magique" commence quand ils sont mystérieusement réunis par hasard et se lancent dans un voyage.

Ryo Saeba est un détective privé et un nettoyeur qui débarrasse la société du mal sous le pseudonyme de City Hunter. Il travaillait avec sa partenaire Kaori Makimura, mais celle-ci décède dans un accident. Son cœur est volé et transplanté à Xiang-Ying, une tueuse qui a voulu se suicider. Mais le cœur de Kaori veut revoir Ryo et entraine Xiang-Ying à la recherche de Ryo Saeba.