Kurapika est devenu un Hunter pour se venger de la Brigade Fantôme, une organisation à l’origine du massacre de son clan. En effet, les yeux des membres du clan Kurta deviennent écarlates lors de fortes émotions et se vendent extrêmement chers au marché noir. Malgré l’intervention de Gon, Killua et Leorio, Kurapika se fait voler ses yeux. Ainsi commence le combat contre la Brigade Fantôme et la véritable identité du N°4.

Destinée à mourir dans les mois à venir, Himari est une jeune fille surveillée affectueusement par ses deux frères, Shôma et Kanba. Afin de conserver le sourire de leur sœur jusqu'au bout, ces derniers font tout pour adoucir son quotidien. Malheureusement, malgré leurs efforts pour retarder l'échéance, l'inéluctable se produit. Alors que tout espoir semble perdu, un miracle se réalise devant les yeux des deux frères. Afin que les effets de ce dernier ne se dissipent pas, ils se voient confier trois pingouins bons à tout faire dans le but d'accomplir une mission étonnante qui les entraînera dans des délires peu communs.

Danganronpa 3 : Désespoir se déroule avant les événements décrits dans Danganronpa: Trigger Happy Havoc. Chisa Yukizome est une nouvelle professeure à Hope's Peak Academy et devient la principale de la classe 77. Pendant ce temps, un étudiant sans talent de la réserve se porte volontaire pour subir des expériences ayant pour but de créer l'« Espoir Ultime ». L'histoire suit tous les événements qui donneront naissance aux « Désespoir Ultime », puis à la Tragédie4

Meicoomon se déchaîne après avoir vu Meiko Mochizuki se faire blesser par l'homme ressemblant à Gennai. « Il aurait mieux valu que tu ne naisses pas… » Meicoomon disparaît dans le monde réel, qui s'est depuis déformé. Possédant un pouvoir écrasant, il est la clé de la destruction du monde.

En arrivant dans le monde numérique après le « reboot », les DigiDestinés sont poursuivis par un nouveau méchant. Pendant ce temps, Sora est troublée par l'indifférence de son partenaire Digimon à son égard.

Les DigiDestinés se rendent dans un parc à thème de sources chaudes voisin et tout le monde s'amuse, mais Joe ne vient pas car il veut étudier pour ses examens. Un autre Digimon infecté, Ogremon, attaque Odaiba. Gomamon s'enfuit de chez lui tandis que Mimi rencontre des problèmes avec les autres DigiDestinés et ses camarades de classe à cause de ses idées égoïstes.

Suite au combat contre Belial Vamdemon, le Digital World s'est refermé et les Élus ont repris leur vie dans le monde réel. Mais un jour, Kuwagamon apparaît subitement à Odaiba. Témoin de la scène, Taichi Yagami, désormais 17 ans, le prend en chasse, seul, mais il comprend bien vite qu'il est impuissant sans son partenaire. C'est alors qu'un miracle se produit.

Après avoir vu la transformation abrupte de Meicoomon et le meurtre de Leomon, Agumon et les autres Digimon sont maintenus isolés dans le bureau de Koushiro afin de les empêcher d'être infectés, mais des signes d'infection commencent à apparaître chez Patamon.