Quatorze ans après la catastrophe nommée "Hammer of Eden" (Marteau du Paradis) qui a engloutit 90% des terres et tué 6 milliards d'êtres humains, les hommes ont fondés les Nouvelles Nations Unies. Aoi, la secrétaire générale des ces Nations Unies demande aux dirigeants des pays une coopération universelle. A Yabitsu, Keel, un jeune garçon turbulent parle avec son amie Isla, une jeune femme enceinte, quand tout-à-coup, un sous-marin nucléaire, l'Ulysse, commandé par Gould, déçu par la race humaine, déclare la guerre aux Nouvelles Nations Unies et attaque la ville. Alors qu'on ordonne l'évacuation, Isla a des contractions. Un jeune homme, Teen, portant l'uniforme des membres de l'Ulysse, aide à l'accouchement et leur donne son insigne pour leur permettre de s'enfuir.

Lucie Nanami est la jeune princesse sirène du royaume du Pacifique Nord, qui est venue sur la Terre à la recherche de sa perle rose qu'elle a donnée à un jeune garçon qui se nomme Kaïto Dômoto qu'elle a sauvé de la noyade étant petite. Avec ses amies Hanon Hôsho (Princesse de l'Atlantique Sud) et Rina Tôin (Princesse de l'Atlantique Nord), elles combattent les démons marins qui veulent les capturer et leur voler leur perles.

Jigen raconte à une journaliste sa rencontre avec Lupin (Edgar), au temps ou il travaillait pour un parrain de la mafia…

À la suite d'une promesse faite à Mark Williams, un vieil ami cambrioleur décédé, Edgar / Lupin III doit restituer tous les objets volés par Mark dans le temps. Si il réussit, Edgar pourra connaitre l'emplacement du fameux « Diamant Trique » que convoite également Magali / Fujiko ainsi que des représentants de la mafia russe.